Le COVID est-il de retour à New York ? La surveillance des eaux usées montre que le coronavirus est en augmentation.

Publié le 1 juin 2023

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Les New-Yorkais qui ont remarqué plus de reniflements et de toux pendant leurs trajets en métro n'imaginent rien. La surveillance des eaux usées montre les premiers signes d'un rebond du coronavirus à New York et dans certaines banlieues environnantes.

Les 14 usines de traitement des eaux usées de New York signalent des concentrations élevées de coronavirus SARS-CoV-2, selon le tableau de bord géré par NYS Wastewater Surveillance Network. Un classement «élevé» se traduit par au moins 50 cas de COVID ou plus pour 100 000 personnes.

Le tableau de bord donne également une lecture des tendances sur deux semaines. La hausse actuelle remonte à fin avril pour la plupart des égouts de la ville, bien que ceux couvrant Brooklyn, Staten Island, le Queens et une partie du Bronx aient enregistré la reprise la plus marquée ces dernières semaines. Les eaux usées de Yonkers, New Rochelle et certaines parties du comté de Rockland ont également tendance à augmenter avec leurs concentrations de coronavirus.

Les sites d'eaux usées partagent régulièrement des données avec le tableau de bord de l'État et, depuis mercredi, la dernière tranche d'enregistrements de NYC date du 21 mai, ce qui signifie que l'augmentation était en cours avant les rassemblements du Memorial Day. Le département de la santé de l'État a déclaré à Gothamist que la positivité des tests – le pourcentage de tests de diagnostic montrant une infection – a également légèrement augmenté, bien que les experts aient déclaré que cette mesure est plus difficile à faire confiance maintenant que les tests de laboratoire sont moins courants.

Le commissaire à la santé de la ville de New York a confirmé la hausse des eaux usées, mais lui et des chercheurs en santé publique ont déclaré qu'il était trop tôt pour dire si la hausse indique le début d'une vague à part entière. Le changement pourrait n'être qu'un accident causé par le fait que davantage de personnes traînent à mesure que le temps s'améliore ou en raison d'une nouvelle version d'omicron trouvant des endroits occasionnels pour prospérer.

Cette carte montre les niveaux de détection du SRAS-CoV-2 via le réseau de surveillance des eaux usées de l'État de New York. Les 14 usines de traitement des eaux usées de New York signalent des niveaux élevés de matériel génétique du SRAS-CoV-2, qui sont en corrélation avec les risques de transmission communautaire dans une zone. Capture d'écran prise le 31 mai 2023, bien que les derniers échantillons aient été prélevés le 21 mai pour les sites de New York.

"Nous examinons les données sur les eaux usées au fil du temps", a déclaré le commissaire à la santé de NYC, le Dr Ashwin Vasan. "Nous devons l'examiner un peu sur des périodes plus longues pour tirer toute conclusion importante."

La tendance des eaux usées est remarquable car des signes similaires ne sont pas encore apparus parmi les cas confirmés – la manière classique dont les gens ont suivi les modèles COVID-19 au cours des trois dernières années. Cette métrique dépend des tests PCR, que les laboratoires et les hôpitaux ne sont plus tenus de faire, compte tenu des reculs ces derniers mois et de la conclusion de l'urgence de santé publique COVID début mai.

Des tests quotidiens et de routine du personnel et des visiteurs signifiaient que les hôpitaux pouvaient servir de balises pour les changements dans les niveaux communautaires du coronavirus. Mais les hôpitaux de tout l'État ne sont plus tenus d'effectuer des tests de dépistage du SRAS-CoV-2, sauf en cas d'épidémie, et l'État n'exige plus non plus que les hôpitaux testent les personnes sans symptômes. C'est principalement aux installations individuelles de décider si et quand elles veulent tester

"Les hôpitaux ont le pouvoir discrétionnaire de continuer à effectuer des tests d'admission / de sortie pour les populations vulnérables", a déclaré la porte-parole du département de la santé de l'État, Erin Clary. "Les foyers de soins ont le pouvoir discrétionnaire d'exiger des tests dans certaines situations."

Avant les derniers jours de l'urgence de santé publique début mai, plus de 10 000 personnes passaient encore des tests COVID quotidiennement à New York. Cette moyenne sur sept jours est maintenant tombée en dessous de 4 000.

Les conséquences sont que des mesures familières telles que la positivité des tests et les taux de cas peuvent prendre plus de temps pour révéler des épidémies communautaires si et quand une poussée arrive, a déclaré le Dr Bruce Y. Lee, professeur à la CUNY School of Public Health et directeur exécutif du groupe de recherche. PHICOR.

Cette carte montre les tendances sur deux semaines des niveaux de détection du SRAS-CoV-2 via le réseau de surveillance des eaux usées de l'État de New York. Onze des 14 égouts signalent une augmentation de NYC au 21 mai. Capture d'écran prise le 31 mai 2023.

"Le nombre de cas signalés et les résultats des tests – nous devons prendre avec un énorme grain de sel car il ne représente probablement pas près de tous les cas qui se produisent réellement", a déclaré Lee. "Cela pourrait même représenter une très petite fraction, et nous devons nous rappeler que la variation des tests d'une semaine à l'autre affectera également ces chiffres."

Il a ajouté que les eaux usées ne donnent qu'une idée générale de la propagation du coronavirus dans une communauté et n'offrent pas la même résolution quartier par quartier que les tests en laboratoire. Une seule station d'épuration peut couvrir de 130 000 personnes (Rockaway) à plus de 1,1 million (Newtown Creek) à New York.

Les hospitalisations et les décès fournissent toujours des lectures fidèles étant donné qu'elles sont toujours signalées aux services de santé publique, mais ces signes peuvent prendre des semaines à apparaître une fois qu'une poussée est déjà en cours. Clary, du département de la santé de l'État, a déclaré que New York signale également une légère augmentation des hospitalisations pour COVID, tandis que les cas et les tests globaux restent en baisse.

Elle a ajouté que l'agence d'État continue d'enregistrer les taux de COVID des hôpitaux et des maisons de retraite qui décident de soumettre des résultats. Il surveille également les données sur les eaux usées et les rapports sur les symptômes de type COVID recueillis par les services d'urgence, dans le cadre de ce que l'on appelle la surveillance syndromique.

"Le Département prévoit d'offrir des tableaux de bord de données publics en ligne pour les deux dans un proche avenir", a déclaré Clary. Les Centers for Disease Control and Prevention ont déclaré à Gothamist que le Nord-Est connaît également une augmentation de quatre autres germes respiratoires courants – les virus parainfluenza humains (HPIV), le métapneumovirus humain, l'adénovirus respiratoire et le coronavirus CoVNL63 – mais que leur activité reste dans la fourchette attendue pour cette période de l'année. L'État de New York a enregistré environ 2 400 décès par COVID cette année, dont environ un tiers se sont produits dans la ville, selon les données du CDC.

Les données de couverture vaccinale montrent que 91 % des résidents de New York – 7,5 millions de personnes – ont pris au moins une dose de vaccin COVID-19, et 81 % sont entièrement vaccinés (6,7 millions). Mais l'utilisation du booster bivalent n'est que de 16% dans toute la ville (1,3 million). Ce graphique montre les taux de vaccination par groupe d'âge au 31 mai 2023. Données via le département de la santé de NYC.

En ce qui concerne le SAR-CoV-2, "nous nous attendrions à ce que la ville de New York passe potentiellement en premier", a déclaré le Dr David Larsen, professeur à l'Université de Syracuse qui dirige le tableau de bord du réseau de surveillance des eaux usées de l'État de New York. Il a dit qu'il voudrait voir plus de données sur les banlieues environnantes avant de confirmer une tendance à la hausse là-bas. À la mi-mars, la ville est passée à une méthode plus sensible pour détecter le coronavirus dans les eaux usées, mais ce changement n'est pas responsable de la nouvelle hausse, a déclaré Larsen.

Biobot, une société d'analyse des eaux usées qui collabore avec le CDC, signale également une plus grande activité de coronavirus dans le comté de Nassau ces dernières semaines, qui tend à dépasser la moyenne nationale.

"Nous devrons continuer à surveiller les données pour voir si quelque chose change cette année", a déclaré Hannah Totte, épidémiologiste chez Biobot, qui suit également le mpox et se développe pour suivre le norovirus.

Totte et Vasan ont déclaré qu'il ne serait pas trop surprenant de voir un rebond à la fin du printemps, comme cela s'est produit ces dernières années. Lee a ajouté que le COVID-19 se confine progressivement aux mois d'automne et d'hiver, mais qu'il n'est pas encore devenu saisonnier. À l'heure actuelle, les taux de coronavirus des eaux usées sont toujours inférieurs aux périodes de pointe observées lors de la flambée de l'hiver dernier.

Vasan a déclaré que le livre de jeu n'avait pas changé pour répondre à COVID. Ses recommandations sont triples. Les groupes à risque et leurs proches doivent être attentifs si les signes de transmission continuent d'augmenter et envisager des précautions. Si les cas ou les hospitalisations atteignent des niveaux élevés, le port du masque à l'intérieur est recommandé. Aussi, faites-vous vacciner.

Moins de 20% de la ville de New York est à jour sur ses vaccins, ce qui signifie qu'ils ont pris une dose bivalente qui protège contre l'omicron.

"C'est moins une question d'inquiétude que de préparation. Le COVID est là. Il ne va nulle part. Nous vivons avec", a déclaré Vasan. "Nous avons montré que nous pouvons commencer à retrouver un sentiment de normalité et reconstruire notre ville même avec le COVID qui circule toujours."

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Nsikan dirige le bureau de la santé et des sciences au WNYC/Gothamist. Nsikan était auparavant chez National Geographic où il travaillait comme rédacteur scientifique, supervisant sa couverture COVID-19 en plus d'autres sujets dans les domaines de la science, de la santé et de la technologie. Avant National Geographic, il a travaillé pendant plus de quatre ans chez PBS NewsHour, où il a co-créé une série de vidéos primée nommée ScienceScope. Il a partagé un Emmy 2020 pour la série PBS NewsHour "Stopping a Killer Pandemic" et en 2019 a reçu un prix George Foster Peabody pour la série PBS NewsHour "The Plastic Problem". Nsikan a également travaillé pour NPR, Science News Magazine, Science Magazine, KUSP Central Coast Public Radio, le Santa Cruz Sentinel et en tant qu'écrivain au Center for Infection and Immunity de l'Université de Columbia. Il est titulaire d'un doctorat en pathobiologie de l'Université de Columbia et est un ancien du programme de communication scientifique de l'Université de Californie à Santa Cruz.

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